Yazar "Şimşek, Ömer" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Nadir Bir Ekzopolisakkarit Olarak Alternanın Fonksiyonel Etkilerinin Belirlenmesi, Alternan Üretiminden Sorumlu Alternansükraz Enziminin Ekspresyonu ve Aktivitesinin Tespiti
    (2019) Dertli, Enes; Yılmaz, Mustafa Tahsin; Şimşek, Ömer
    Laktik Asit Bakterileri (LAB)?nin starter kültür olarak islevlerine ilave olarak son dönemde bu önemli mikrobiyal grubun ürettigi fonksiyonel metabolitler üzerinde durulmaktadır. Bu metabolitlerin basında da LAB türleri tarafından in situ olarak üretilip gıda maddelerinin fizikokimyasal niteliklerini gelistirebilen ekzopolisakkaritler (EPS) gelmektedir. LAB türlerinde yapısal olarak glukoz/fruktoz?dan olusabilen homopolimerik EPS üretimi ucuz substrat ve yüksek miktarda üretim nedeniyle temel olarak ?-glukan üretimi çerçevesinde sekillenmektedir ve sükrozun substrat olarak kullanılması ile ?-glukan üretiminden glukansükrazlar sorumludur. LAB türlerinde glukansükrazların aktivitesi ile alternan gibi farklı yapılarda ?-glukan üretimi gerçeklesebilmektedir. Son dönemde LAB türlerinde ortaya çıkartılan ?-glukan üretebilen bir diger enzim grubu da sükrozda inaktif ancak amiloz gibi ?-1- 4 glikozidik bagı içeren substratlara etki edip açıga çıkan glukoz ünitelerini farklı baglar ile baglayabilen glukanotransferazlardır. Her iki enzim grubu ile de farklı yapılarda fonksiyonel etkileri olabilecek polisakkarit/oligosakkaritlerin üretimi gerçeklesebilmekte olup, bu enzimlerin aktivitelerinin belirlenerek üretebildikleri polisakkarit/oligosakkaritlerin karakterizasyonu ve bu bilesenlerin fonksiyonel etkilerinin tespiti son derece önemli bir husustur. Bu baglamda bu projenin amacı eksi hamurdan izole edilen alternan üreticisi oldugu gösterilen Lactobacillus reuteri E81?de alternan üretiminin eksi hamur üretimi açısından fonksiyonel etkilerini ortaya koymak, alternan üretiminden sorumlu glukansükrazın ve yine aynı bakteride açıga çıkartılan 4,6-?-glukanotransferazın aktivitesinin ve sırasıyla verici-alıcı reaksiyonları ve farklı substratlarda üretebildikleri oligosakkaritlerin karakterizasyonu ve bu oligosakkaritlerin bagısıklık düzenleyici ve prebiyotik potansiyellerinin belirlenmesidir. Proje kapsamında öncelikle Lactobacillus reuteri E81 eksi hamurdan izole edilip ürettigi alternanın fizikokimyasal karakterizasyonu gerçeklestirilmis ve bakterinin bütün genom sekansı açıga çıkartılmıstır. L. reuteri E81?in genom analizi bu bakteri de glukansükraz (gtfA) enzimine ilaveten 4,6-?-glukanotransferaz (gtfB) enzimini kodlayabilecek bir genin genomda yer aldıgını göstermistir. Ilk olarak eksi hamur ve ekmeginin nitelikleri açısından alternan üretiminin fonksiyonel etkilerinin anlasılabilmesi için gtfA geni L. reuteri E81?den silinmis ve L. reuteri E81 ve alternan üretemeyen L. reuteri E81 ?gtfA ile eksi hamur üretilip eksi hamurun fizikokimyasal özellikleri ve eksi hamur ekmeginin yapısal karakteristikleri üzerine alternan üretiminin etkileri açıga çıkartılmıs ve alternan üretiminin hamunun viskoelastik yapısının gelisimine katkı sagladıgı ortaya konmustur. Ikinci olarak L. reuteri E81?den gtfA ve gtfB genleri Escherichia coli BL21 (DE3) hücrelerinde üretilip glukansükraz (GTFA) ve 4,6-?- glukanotransferaz (GTFB) enzimlerinin aktivitesi ortaya konmus ve ürettikleri ?-glukanların yapıları Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) spektroskopisi ile belirlenmistir. Takiben GTFA enziminin sükroz ve farklı seker alıcılarla ve GTFB enziminin ise ?-1-4 bagı içeren farklı substratlardan üretebildikleri oligosakkaritler Ince Tabaka Kromatografisi (TLC), NMR ve Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektroskopisi (LC-MS) analizleri ile karakterize edilmis ve her iki enzimin farklı reaksiyonlarda özgün oligosakkaritleri üretme kabiliyetinde oldukları gösterilmistir. Son olarak GTFA ve GTFB ile üretilen bu oligosakkaritlerin fonksiyonel etkileri in vitro olarak HT-29 kolon hücrelerinde IL-10, IL-4, IL-12 ve TNF-? sitokinlerinin indüklenme potansiyelleri ve probiyotik ve patojen bakterilerin gelisimi üzerine potansiyel etkileri incelenerek ortaya konmus ve oligosakkarit düzeyinde fonksiyonel etkinin degisiklik gösterebildigi açıga çıkartılmıstır.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    TARHANADAN İZOLE EDİLEN LAKTOBASİLLER TARAFINDAN ÜRETİLENBAKTERİYOSİNLERİN KARAKTERİZASYONU
    (2020) Kaya, Halil İbrahim; Şimşek, Ömer
    Tarhana Anadolu’da kış için hazırlanan ve sık tüketilen fermente bir gıdadır. Fermente tarhana hamuru laktik asit bakterileri (LAB) ve maya türlerinden oluşan mikrofloraya sahiptir. Bu florada bazı LAB’de bakteriyosin üretimiyle antimikrobiyal aktivite gösterirler. Çalışmamızın amacı tarhanadan izole edilmiş L. namurensis PFC70, L. plantarum PFC74 ve L. paralimentarius PFC97 suşlarının bakteriyosinlerinin belirlenmesi ve karakterizasyonudur. PFC70, PFC74 ve PFC97 suşlarının Micrococcus luteus DSM1790 suşuna karşı 400, 1600, 1600 AU/mL antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu belirlenmiştir. Suşların kültür üst sıvılarındaki metabolitlerin yüksek sıcaklığa ve proteaz enzimlerine karşı hassas, düşük pH koşullarında stabil, bakteriyosin tabiatında olduğu anlaşılmıştır. Üretici hücrelerin genomunda yapılan PZR taramasında, PFC74 bakteriyosininin plantarisin benzeri olduğu belirlenmiştir. Bakteriyosinler, amonyum sülfat çöktürmesi, katı faz ekstraksiyonu ve ters faz sıvı kromotografisi ile saflaştırılmış ve trisin-SDS PAGE ile moleküler büyüklükleri 5 kDa altında olduğu tespit edilmiştir. PFC70 vePFC74 bakteriyosini bakteriyosidal, PFC97 ise bakteriyostatik etkili bulunmuştur. Bu sonuçlar PFC70 suşunun yeni bir bakteriyosin üreticisi olduğunu göstermiştir.