Yazar "Demirag, A. Demet" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    1,4-Bis(2-Kloro-4-Nitrofenil)Piperazin Molekülünün Yapısının Aydınlatılması ve DNA ile Moleküler Kenetlenme Analizi
    (Bayburt University, 2022) Demirag, A. Demet; Çelik, Sefa; İlgin, Berkant; Özel, Ayşen; Akyüz, Sevim
    Piperazin türevi moleküller önemli antikanser aktivitelere sahiptir. Bu çalışmada 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin (C16H14Cl2N4O4) yapısını aydınlatmak için Spartan06 programı kullanılarak konformasyon analizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda belirlenen konformasyonlar arasından en düşük enerjiye sahip moleküler yapı belirlenmiştir. DNA antikanser moleküller için önemli bir hedeftir. Bu nedenle 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin DNA (PDB ID: 1BNA) ile etkileşimi kenetlenme simülasyonları ile incelenmiştir. Molekülün elde edilen en düşük enerjili konformeri, hedef DNA ile kenetlenme simülasyonları için ligandın başlangıç geometrisi olarak alınmıştır. Sonuç olarak, DNA ile molekülün bağlanma afinitesi ve bağlanma modu değerlendirilmiştir. 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazin, DNA ile iki farklı bölgede -7.5 ve -7.4 kcal/mol bağlanma afinitelerine sahiptir. Moleküler kenetlenme çalışmalarına göre 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin güçlü anti-tümör etkilere sahip olduğu tahmin edilmektedir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Molecular Docking Analysis on the Antiviral Effects of Curcumin on SARS-CoV-2
    (Bayburt University, 2022) Demirag, A. Demet; Çelik, Sefa; Özel, Ayşen; Akyüz, Sevim
    The structural preferences of curcumin (C21H20O6) molecule were analyzed by MMFF method using Spartan06 program and the most stable geometry was determined. To evaluate the effects of curcumin on SARS-CoV-2, the molecular docking studies have been done on the spike glycoprotein and the apo/holo forms of the SARS-CoV-2 major protease enzyme (Mpro). The binding affinities and binding modes of curcumin targeted to the SARS-CoV-2 proteins were determined. It was discovered that curcumin had binding affinities of -7.3, -5.7, and -7.6 kcal/mol to the apo and holo forms of the major protease enzyme (Mpro) and spike glycoprotein, respectively. The findings suggested that curcumin could be a useful therapeutic agent for COVID-19 treatment.