1,4-Bis(2-Kloro-4-Nitrofenil)Piperazin Molekülünün Yapısının Aydınlatılması ve DNA ile Moleküler Kenetlenme Analizi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorDemirag, A. Demet
dc.contributor.authorÇelik, Sefa
dc.contributor.authorİlgin, Berkant
dc.contributor.authorÖzel, Ayşen
dc.contributor.authorAkyüz, Sevim
dc.date.accessioned2026-02-28T12:42:49Z
dc.date.available2026-02-28T12:42:49Z
dc.date.issued2022
dc.departmentBayburt Üniversitesi
dc.description.abstractPiperazin türevi moleküller önemli antikanser aktivitelere sahiptir. Bu çalışmada 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin (C16H14Cl2N4O4) yapısını aydınlatmak için Spartan06 programı kullanılarak konformasyon analizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda belirlenen konformasyonlar arasından en düşük enerjiye sahip moleküler yapı belirlenmiştir. DNA antikanser moleküller için önemli bir hedeftir. Bu nedenle 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin DNA (PDB ID: 1BNA) ile etkileşimi kenetlenme simülasyonları ile incelenmiştir. Molekülün elde edilen en düşük enerjili konformeri, hedef DNA ile kenetlenme simülasyonları için ligandın başlangıç geometrisi olarak alınmıştır. Sonuç olarak, DNA ile molekülün bağlanma afinitesi ve bağlanma modu değerlendirilmiştir. 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazin, DNA ile iki farklı bölgede -7.5 ve -7.4 kcal/mol bağlanma afinitelerine sahiptir. Moleküler kenetlenme çalışmalarına göre 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin güçlü anti-tümör etkilere sahip olduğu tahmin edilmektedir.
dc.description.abstractPiperazine-derived molecules have important anticancer activities. In this study, conformational analysis was performed using the Spartan06 program to elucidate the structure of 1,4-Bis(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazine (C16H14Cl2N4O4). Among the conformations determined as a result of the conformation analysis, the molecular structure with the lowest energy was determined. DNA is an important target for anticancer molecules. For this reason, the interaction of 1,4-Bis(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazine with DNA (PDB ID: 1BNA) was investigated through docking simulations. The obtained lowest energy conformer of the title molecule was taken as the starting geometry of the ligand for docking simulations with target DNA. As a result, the binding affinity and the binding mode of the title molecule with DNA were evaluated. 1,4-Bis(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazine has -7.5 and -7.4 kcal/mol binding affinities to DNA, in two different sites. Depending on the molecular docking studies, the 1,4-Bis(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazine was predicted to possess strong anti-tumor effects.
dc.identifier.doi10.55117/bufbd.1006221
dc.identifier.endpage25
dc.identifier.issn2667-579X
dc.identifier.issue1
dc.identifier.startpage19
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.55117/bufbd.1006221
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12403/7748
dc.identifier.volume5
dc.language.isoen
dc.publisherBayburt University
dc.relation.ispartofBayburt Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi
dc.relation.ispartofBayburt Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_DergiPark_20260218
dc.subjectEngineering
dc.subjectMühendislik
dc.title1,4-Bis(2-Kloro-4-Nitrofenil)Piperazin Molekülünün Yapısının Aydınlatılması ve DNA ile Moleküler Kenetlenme Analizi
dc.title.alternativeClarification Of The Structure Of 1,4-Bis(2-Chloro-4-Nitrophenyl)Piperazine Molecule And Its Molecular Docking Analysis With DNA
dc.typeArticle

Dosyalar

Koleksiyon

Bayburt Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi